基于TCMSP数据库的分子对接虚拟筛选JAK3特异性抑制剂

doi:10.16333/j.1001-6880.2022.3.016

天然产物研究与开发 ›› 2022, Vol. 34 ›› Issue (3): 484-490.doi: 10.16333/j.1001-6880.2022.3.016

基于TCMSP数据库的分子对接虚拟筛选JAK3特异性抑制剂

万祥宏，蔡沐彬，游清徽*

江西师范大学生命科学学院，南昌 330022

出版日期:2022-03-28 发布日期:2022-03-29
基金资助:
国家科技重大专项子课题（2018ZX09721002-008）；江西师范大学教学改革研究课题（JXSDJG16078）

Virtual screening of JAK3 specific inhibitors using molecular docking based on TCMSP database

WAN Xiang-hong,CAI Mu-bin,YOU Qing-hui*

College of Life Sciences,Jiangxi Normal University,Nanchang 330022,China

Online:2022-03-28 Published:2022-03-29

摘要/Abstract

摘要： 以LeDock分子对接软件对TCMSP数据库中的13 445种中草药成分小分子与JAK3激酶进行分子模拟对接研究，分析对接结合自由能与配体效率，筛选出18种小分子，再根据受体与配体的相互作用进一步分析，得到7种与JAK3激酶有较好结合作用的小分子，并且发现JAK3激酶分子中氨基酸残基Arg953、Asp967、Lys830、Ala966和Asn954是小分子与酶形成氢键作用的重要位点，为JAK3抑制剂的开发设计提供有力依据。以其他JAK家族成员为靶蛋白，进行反向筛选，发现断马钱子苷（scologanin）对JAK3激酶表现出强结合力与高选择性。本研究意在寻找可以作为JAK3激酶高选择性抑制剂的中草药药效小分子，结果发现断马钱子苷具备相应的潜力，值得进一步深入研究。

关键词: JAK激酶, 抑制剂, 分子对接, TCMSP数据库

Abstract:

LeDock molecular docking software was used to simulate the docking of 13 445 small molecules of Chinese herbal components in the TCMSP database with JAK3 kinase.According to the analysis of docking binding free energy and ligand efficiency,18 molecules were screened out,and then further analyzed according to the interaction between receptor and ligand,7 molecules having better binding with JAK3 kinase were found.The amino acid residues Arg953,Asp967,Lys830,ALA966 and Asn954 in JAK3 kinase molecule were important sites for the formation of hydrogen bond between small molecules and JAK3 kinase,which provided the basis for the development and design of JAK3 inhibitors.Secologanin exhibited strong binding ability and high selectivity to JAK3 kinase through reverse screening with other JAK family members as target.This study found that secologanin may be used as highly selective inhibitors of JAK3 kinase,which was worthy of a detailed further study.

Key words: Janus kinase, inhibitor, molecular docking, TCMSP database

中图分类号: Q74

万祥宏, 蔡沐彬, 游清徽. 基于TCMSP数据库的分子对接虚拟筛选JAK3特异性抑制剂[J]. 天然产物研究与开发, 2022, 34(3): 484-490.

WAN Xiang-hong, CAI Mu-bin, YOU Qing-hui. Virtual screening of JAK3 specific inhibitors using molecular docking based on TCMSP database[J]. NATURAL PRODUCT RESEARCH AND DEVELOPMENT, 2022, 34(3): 484-490.

[1]	孙英, 董梦旋, 谢永红, 韩利文, 汪海洋. 基于斑马鱼模型和网络药理学技术快速筛选青花椒保护血管内皮损伤的主要活性成分[J]. 天然产物研究与开发, 2024, 36(增刊1): 113-120.
[2]	郑志忠, 黄飞, 明艳林, 陈菲. 基于网络药理学和分子对接研究绞股蓝防治糖尿病的作用机制[J]. 天然产物研究与开发, 2024, 36(增刊1): 147-155.
[3]	石俊, 唐佳佳, 张春阳, 陈韦, 齐曼, 陈旭昕, 韩志海. 基于网络药理学和体外实验探究石杉碱甲对急性肺损伤中肺泡上皮细胞的作用及保护机制[J]. 天然产物研究与开发, 2024, 36(9): 1600-1609.
[4]	李茹, 陈雪林, 王寒蕾, 张振男, 赵霞, 张昆, 张玉梅. 水杨梅根的化学成分及α-葡萄糖苷酶抑制活性研究[J]. 天然产物研究与开发, 2024, 36(8): 1307-1319.
[5]	周永芝, 舒腾云, 宋玉莹, 郑立雄, 李海舟. 基于网络药理学探讨臭灵丹抗炎的作用机制[J]. 天然产物研究与开发, 2024, 36(8): 1420-1431.
[6]	陈凯华, 朱雪艳, 郭嘉亮, 曾煦欣. 天然产物中酶抑制剂的快速筛选方法研究进展[J]. 天然产物研究与开发, 2024, 36(7): 1266-1277.
[7]	周玉娇, 廖珊珊, 高攀, 杨钰敏, 李秋杏, 秦旭华, 金沈锐. 基于网络药理学、分子对接和实验验证探讨莪术-鳖甲药对抗肝纤维化的作用机制[J]. 天然产物研究与开发, 2024, 36(5): 856-867.
[8]	宋丽娅, 李丽华, 毕思童. 基于网络药理学、分子对接技术及实验验证研究黄芪提取物治疗缺血缺氧性脑病的机制[J]. 天然产物研究与开发, 2024, 36(3): 520-527.
[9]	李新蕊, 陈海娟, 高禹涵, 徐丽. 藏药翁布对溃疡性结肠炎的作用机制研究[J]. 天然产物研究与开发, 2024, 36(2): 206-217.
[10]	张婉悦, 杨旭杰. 基于数据挖掘和网络药理学探究海洋中药治疗乳腺增生的用药规律及作用机制[J]. 天然产物研究与开发, 2024, 36(2): 322-335.
[11]	朱家娜, 田红巧, 刘梦龙, 丁海燕. 基于代谢组学及分子对接探究雀石蕊抗MRSA的分子机制[J]. 天然产物研究与开发, 2024, 36(10): 1732-1741.
[12]	丛君钊, 苗齐, 徐怀德, 翟梅枝, 王军, 罗安伟, 李梅. 植物多酚对核桃青皮色素染发性能的影响[J]. 天然产物研究与开发, 2024, 36(10): 1777-1786.
[13]	王笑雨, 王召, 曹利华, 贺红娟, 王真真, 李秀敏, 苗明三. 基于数据挖掘、网络药理学及实验验证探讨中药治疗变应性鼻炎的用药规律及相关药理分析[J]. 天然产物研究与开发, 2024, 36(1): 137-154.
[14]	刘鑫澜, 朱朋艳, 马金蓉, 王星月, 韦茜, 高艳梅, 张冬英, 袁文娟. 基于网络药理学及体外实验探究野蚕豆根抗氧化活性及其作用机制[J]. 天然产物研究与开发, 2024, 36(1): 155-166.
[15]	涂如霞, 宋小仙, 陈慧, 何沛霖, 张莉, 郭延垒, 刘剑毅. 基于UPLC-Q-TOF-MS与分子对接的鸡矢藤有效成分及潜在靶点探讨[J]. 天然产物研究与开发, 2023, 35(增刊2): 55-62.

基于TCMSP数据库的分子对接虚拟筛选JAK3特异性抑制剂

Virtual screening of JAK3 specific inhibitors using molecular docking based on TCMSP database

PDF (PC)

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价